《兖州府志》是于慎行在万历十八年（1590）至三十五年（1607）致仕家居期间，应兖州先后两位知府易澄瀛和卢学礼的邀请，而用了三年的时间完成的一部府志。编纂严谨，刻印精良，是《兖州府志》各版本中的最佳版本，该志书最早的刻本是万历二十四年（1596）本，但目前国内已绝少流传，20世纪60年代曾在钜野发现该志书，被认为是孤本，但缺少“人物志”和“典籍志”。80年代，经山东大学著名学者殷孟伦教授拜托日本学者波多野太郎教授从日本宫内省图书寮复制所缺的二志，并由齐鲁书社于1985年出版（仅印1500套），终使这部散佚多年的明代方志杰作重新问世，给后人研究于慎行提供了重要素材。 明代的兖州府，包括今天的济宁（邹城、曲阜、鱼台）、菏泽、泰安、枣庄（滕县、峄县）临沂等市的三十余县，是当时管辖县较多的一个府。在嘉靖年间，曾有《兖州府志》，在其后的清代康熙年间，也有《兖州府志》，综观几部不同时期的《兖州府志》，可以看出，于慎行所修的《兖州府志》与其他二志相比较，无论是从体例之严谨、选材之丰富，还是考证之精确等方面都要胜出一筹，尤其是该志的史料价值更为后世研究者所公认，称此为研究古代山东地方史，尤其是兖州地方史必不可少的重要文献。
