颜钧父亲名应时(吉安府志有记载,颜钧功名不详可能万历志没有录。),为江南常熟训导,颜钧在兄弟中排行第四。自幼体质孱弱,智慧不开,被人视为痴儿。十三岁随父在常熟读书。十七岁时,父亲病故,仲兄颜钥又陷粮役,家道中落。颜钧因家贫不能继续读书,遂返乡,居家奉养寡母,一度苦闷不已。
嘉靖四十五年(公元1566年),他在扬州买船南归时,被南都提学耿定向派人诱往太平(今安徽马鞍山)讲学,未有几日,即遭逮捕,解往南京监狱,在狱中受尽折磨。后因查无实据,被强加“盗卖官船”的罪名,罚交“赃银”350两。隆庆三年(公元1569年),颜钧入狱后三年,罗汝芳全力营救,朝夕伺候并变卖家产,同时发起募捐,在如数缴纳银两后才使得颜钧出狱,发边充戍。
隆庆五年(公元1571年)五月,颜钧被遣送回家,免除“罪人”身份。年近七旬的颜钧。此后多半在家从事著述工作。万历二十四年(公元1596年),颜钧逝于永新家中,享年九十三岁。