据载，１９００，文溯阁《四库全书》即出现散佚。１９１４，将其运到北京，保存在保和殿。至此，文渊、文津、文溯三阁《四库全书》，齐集北京。１９２５年，奉天教育人士拟办图书馆，《四库全书》被运回沈阳入藏文溯阁。经清点，发现缺书１６种，７２卷。１９２６年，派人到京雇抄手二十余人，历时近一年依文渊阁本抄补完整。１９３１年，文溯阁本《四库全书》落入日本人手中。日本投降后，１９４６年文溯阁本《四库全书》才又回到中国人民手中。８月，对文溯阁《四库全书》进行清点，共６１４４函（含《总目》３函），３６２５３册。１９４９年，东北图书馆（现辽宁图书馆）接收沈阳故宫博物院图书馆全部藏书，同年６月，再次清点文溯阁《四库全书》，共３６３１５册。１９５０年１０月，为保护国家珍贵文物，将文溯阁《四库全书》转移到黑龙江省讷河县城外的一小学内，第二年又因防水灾转移到北安县，１９５４年１月才又运回沈阳。１９６５年１０月，因为多种原因，当时的辽宁省为《四库全书》安全考虑，请示将文溯阁《四库全书》调出辽宁，交由西北地区保存。经有关部门协调，批准文溯阁《四库全书》移送甘肃保存。１９６６年９月１３日，双方在沈阳进行了清点、交接。当时移存的典籍有文溯阁《四库全书》共计６１９９函，３６３１３册，７９８９７卷。另有《简明目录》《总目》《考证》《分架图》等３９函，２６５册。同时移存的还有《钦定古今图书集成》一部，５７６函，５０２０册。
１９６６年１０月底，文溯阁《四库全书》运抵甘肃，放在永登连城鲁土司衙门大经堂后的临时书库。１９７１年６月，甘肃省为保护文溯阁《四库全书》专门拨款１７．５万元，修建占地３０亩的甘草店战备书库，同时还为书库配置了专门的大型发电机，修建了消防蓄水池。
２００５年７月，投资５０００万元，按特级文物馆藏标准兴建的文溯阁四库全书藏书馆，于兰州黄河之滨九州台落成。文溯阁《四库全书》随即入藏新馆。新馆藏书楼占地５２．９亩，建筑面积５７００平方米，仿明清建筑风格，既有历史文化内涵，又具备现代化科技功能，在建筑规模、安全性能、内部设施及现代科技应用等方面，均处于国内同类建筑领先水平。
