宋金时期，道教发生了较大的变化，开始分衍宗派。金大定年间，咸阳人王重阳（1112－1170）创立全真道，从此道教正式分为全真派和正一派。全真道士不饮酒茹荤，不娶家室，为出家道士；正一道士可饮酒食荤，可娶家室，为在家道士。王重阳早年为儒生，精通武术。相传48岁时在户县甘河镇遇仙，得修炼真诀，悟道出家。曾在终南山筑墓穴居，自称居处为“活死人墓”。金大定七年（1167）王重阳东出潼关，到山东传教，收马鈺、谭处端、刘处玄、丘处机、王处一、郝大通、孙不二7人为徒，称“全真七子”。全真道以道教《道德经》、佛教《般若心经》和儒教《孝经》为经典，主张三教合一，通过“正心诚意，少私寡欲”的清修，达到克己、忍辱的超脱境界。王重阳死后，葬于终南刘蒋村故庵（今户县祖庵镇）。金章宗赐庵名灵虚观，全真道尊其为祖庭。
元初，由于战争，各地宫观多有损坏，终南山祖庭灵虚观也化为灰烬。后在丘处机的努力下，全真道受到蒙古统治者的特殊礼遇，战争结束后，道教活动迅速恢复。元世祖至元六年（1269），敕封王重阳为“全真开化真君”。在王重阳出生地咸阳县大魏村修建天圣宫。至元二十六年（1289）为王重阳刻立《重阳王祖师仙迹记》。元武宗至大三年（1310），又加封五重阳为“全真开化辅极帝君”。泰定三年（1326）全真道掌蓝道元因罪被黜，道教地位大降，走向消沉。
明清时期，正一道传入咸阳，各地广修城隍庙，大多为正一道士居住。民间与道教有关的祭祀活动泛滥，各地修建的三皇、五帝、城隍、火神、龙王、娘娘等庙达87类之多。民国时期，道教进一步衰落，道教与民间信仰相互掺杂情况普遍。
中华人民共和国建立后，各级人民政府认真贯彻党的宗教信仰自由政策，咸阳道教有了很大变化。经过土地改革，道士从事农业或林业生产，自食其力。1956－1957年，陕西省人民委员会先后公布了全省第一、二批重点文物保护单位，与道教有关、在咸阳境内的有：兴平立清观、三原城隍庙、彬县的姜嫄公刘庙等。
